Siendo necesario conocer los fundamentos sobre los cuales descansa la actual Institución debimos realizar un recorrido histórico, que lo dividirnos en tres capítulos, enmarcados dentro de los años 1784 a 1900. Así, el primero encierra las inquietudes y esfuerzos de los sacerdotes por la creación del citado centro en Cartago, que resultaron infructuosos, hasta el inicio de sus servicios en San José; la etapa llega hasta 1858. El segundo capítulo, corresponde a una difícil etapa por la que pasó la Institución por lo que debió cerrar sus puertas temporalmente en 1861, pero a la vez sirvió como lapso de meditación para todos aquellos que veían dolorosamente cómo se cerraban las puertas de un centro que albergaba tantas esperanzas, ante lo que ellos no podían permanecer impasibles. Aunando esfuerzos se volvieron a reanudar los servicios en 1864; año a partir del cual data la vida normal del Hospital, en ocasiones dificultosa, pero Ininterrumpida. El tercero y último capítulo encierra todos los acontecimientos que llevaron a la transformación del Hospital San Juan de Dios, de una simple casa de salud, a una verdadera institución hospitalaria. En general el trabajo lo realizarnos consultando diversa bibliografía, pero primordialmente, los informes vertidos por los Presidentes de la Junta de Caridad, las actas de dicha Junta y fuentes manuscritas del Archivo Nacional.