La esquizofrenia es una enfermedad que afecta aproximadamente al l % de la población mundial. Es una de las enfermedades psiquiátricas más debilitantes con un alto costo económico, social, familiar y personal. En Costa Rica la esquizofrenia constituye la primera causa de internamiento ell1re los desórdenes psiquiátricos en el Hospital Nacional Psiquiátrico. El presente estudio analiza el diagnóstico preliminar de los primeros 120 pacientes incluidos en el proyecto sobre la Genética de la Esquizofrenia, Al comparar el diagnostico del entrevistador, el diagnóstico final por consenso y el diagnóstico del último egreso hospitalario se encontraron diferencias en alrededor del 40% de los sujetos en el estudio. Se encontró un relativo sub-registro de la sintomatología afectiva en los diagnósticos de egreso can el consecuente sobre-diagnostico de los trastornos esquizofrénicos en los hospitales nacionales. El trastorno esquizofrenitivo fue uno de los diagnósticos Con menor concordancia. Las diferencias diagnósticas encontradas pueden ser parcialmente explicadas por el uso de pautas diagnósticas diferentes y{o una mayor rigurosidad diagnóstica utilizada en investigación que no es necesaria en la clínica. Sin embargo, la concurrencia de diferentes síntomas en las enfermedades psiquiátricas severas y las limitaciones impuestas por la categorización diagnóstica, obliga al psiquiatra a encasillar al paciente en una categoría que puede no representar completamente la enfermedad de ese paciente. El contar con marcadores biológicos en un futuro podría servir para clasificar estos síndromes en entidades diagnósticas más precisas, a explicar la fisiopatología de estas enfermedades y mejorar el tratamiento.