Los primeros casos de intoxicación por floraciones algales nocivas (FAN) se reportaron en el país en 1990. Sin embargo desde finales de 1999 se ha observado un aumento drástico en el número de personas intoxicadas, especialmente en la costa pacífica del país. En Costa Rica existe gran desconocimiento acerca del problema. Debido al impacto que producen los fenómenos FAN en la salud pública, el turismo local y el ecosistema, es necesario describir las especíes tóxicas y sus toxinas para tomar las medidas adecuadas de control y prevención. Métodos: Se realizaron muestreos de agua en varios sectores de la costa pacífica de nuestro país, con el objetivo de detectar las especies de microalgas potencialmente tóxicas y nocivas, y se interrogó a los pescadores locales. La identificación de las especies se realizó morfológicamente mediante microscopía de luz y electrónica de rastreo. Los hallazgos se compararon con la bibliografía y se propuso el potencial tóxico de estas microalgas, así como los métodos de análisis toxicológico, y la sintomatología de los afectados.