La operación de cambio de sexo es controversial. Sus defensores sostienen que la cirugía constituye la única solución para el sufrimiento social y psicológico del paciente. Para quienes la adversan la operación representa un tratamiento mutilante y que el paciente queda con mal funcionamiento psicológico. A pesar de la evaluación neuropsiquiátrica que debe preceder la operación, existe el riesgo de que no capte la condición real del paciente cuando éste ha sido preparado por amigos o cuando ocurre una mala relación médico-paciente. La operación requiere urólogos, cirujanos plásticos y ginecólogos. En el transexual masculino el procedimiento comprende: apendectomía (extirpación del pene), castración (extirpación de los testículos, y la construcción de una vagina artificial. En el transexual femenino la operación comprende: mastectomía histerectomía e intento de construcción de un pene funcional. En ambos casos de transexuales se debe complementar la cirugía con tratamientos hormonales para estimular las características sexuales secundarias.