Antecedentes: la onicomicosis es una infección fúngica de las uñas, que puede ser causada por dermatofitos, levaduras y hongos filamentosos no dermatofitos. El objetivo del presente trabajo fue identificar -morfológica y molecularmente- un aislamiento realizado a partir de la uña del dedo medio de la mano derecha de un paciente inmunosuprimido con trasplante renal. Métodos: a la muestra se le realizó un examen microscópico directo en KOH 40%, y las características de la colonia fueron evaluadas en medio de cultivo Agar Sabouraud Glucosado y Agar Mycosel. El hongo aislado se identificó molecularmente mediante la amplificación, por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación de la región espaciadora transcrita (ITS) de los genes ribosomales y de una porción del gen del factor de elongación 1alfa (EF-1α). La secuencia de nucleótidos de cada región fue comparada con las secuencias publicadas en la base de datos del Banco de Genes del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). Resultados: las características macro y microscópicas de la colonia concordaron con las descritas para Cylindrocarpon lichenicola (sinónimo Fusarium lichenicola). La secuencia de nucleótidos, tanto de la región ITS (544 pb) como de la porción del gen EF-1α (710 pb), presentó un 100% de similitud con secuencias de F. lichenicola. Conclusión: se identificó por primera vez en Costa Rica C. lichenicola asociado con onicomicosis en un paciente inmunosuprimido. Este tipo de pacientes deben ser instruidos sobre las posibles fuentes de agentes infecciosos, particularmente los riesgos que pueden generar la jardinería y la agricultura.