Justificación y objetivo: Streptococcus pneumoniae es globalmente la primera causa de muertes inmunoprevenibles en niños menores de 5 años. Métodos: entre 2007 y 2009 se realizó una vigilancia prospectiva con base poblacional en niños de 28 días a 36 meses en San José, Costa Rica. Se determinaron la incidencia de la enfermedad neumocócica invasora y de neumonía confirmada clínicamente y por radiografía, la distribución de serotipos y la sensibilidad a los antibióticos. Resultados: participaron 8801 sujetos (mediana de edad: 13,0 meses). En 25 niños se detectó enfermedad neumocócica invasora mediante aislamiento en cultivos (22) o mediante reacción de polimerasa en cadena y un cuadro clínico compatible con enfermedad neumocócica invasora (3) En los casos diagnosticados únicamente por cultivo, la tasa de incidencia de enfermedad neumocócica invasora en niños de 28 días a 36 meses de edad fue de 33,7/100 000 por año para los años 1 y 2 combinados. Al considerar los casos adicionales diagnosticados por reacción de polimerasa en cadena, la incidencia aumentó a 46,0/100 000. El serotipo más frecuente fue el 14 (28,6%), seguido por los serotipos 3, 4, 6A, 19A y 22F. 42,9% de los aislamientos eran insensibles a la penicilina y al cotrimoxazol. La incidencia de neumonía confirmada clínicamente y de neumonía confirmada por radiografía fue de 1968/100 000 y 551/100 000, respectivamente. Conclusión: la incidencia de enfermedad neumocócica invasora y neumonía en niños de San José es considerable. Estos datos epidemiológicos sirven como línea de base para evaluar la efectividad de nuevas vacunas antineumocócicas conjugadas.