Justificación y Objetivo: Evaluar la oportunidad, sistematicidad y calidad de la investigación del caso sospechoso por leptospirosis en cinco regiones con alta prevalencia en Costa Rica, dada su importancia para una correcta prevención y control de la leptospirosis. Métodos: Estudio transversal descriptivo que evalúa la oportunidad, sistematicidad y la calidad de la información del sistema que involucra la investigación de casos sospechosos por leptospirosis mediante la ponderación de indicadores para cada atributo entre los años 2004 y 2008 en las regiones Brunca, Central Este, Huetar Atlántica, Huetar Norte y Pacífico Central del Ministerio de Salud de Costa Rica. Las fuentes de información contemplaron los registros electrónicos de datos de notificación obligatoria del Ministerio de Salud, la información de las fichas de investigación de caso recolectadas en Áreas de Salud y los datos de laboratorio del Centro Nacional de Referencia de Leptospirosis del INCIENSA. Resultados: Se analizaron 1 497 casos sospechosos y 498 investigaciones de caso. Respecto un valor máximo de 1,00 para cada atributo, la oportunidad del sistema se calificó con 0,43, así como la sistematicidad y la calidad de la información con un valor de 0,12 y 0,53, respectivamente. Del total de casos con boleta de notificación obligatoria (1 339), se recuperaron segundas muestras en el 35,7 % de ellos. Conclusión: La investigación de caso evaluada carece de la oportunidad, sistematicidad y calidad necesarias para cumplir los objetivos del Sistema de Vigilancia de la Salud. Esto podría tener efectos sobre la capacidad de implantar medidas de control y prevención efectivas.