El cáncer cervicouterino es en el mundo y en Costa Rica una de las 3 primeras causas de cáncer en las mujeres. La detección temprana de lesiones premalignas o malignas mejora el pronóstico de las usuarias. Objetivo: Encontrar si hay factores asociados a las alteraciones de la citología vaginal en un área de salud urbana de Costa Rica durante 2009. Metodología: Estudio de casos y controles en usuarias de una área de salud urbana de Costa Rica durante 2009. Se definió caso como toda mujer residente de esa área que presentara una citología vaginal alterada, displasia leve, moderada, severa o carcinoma durante 2009. Los controles se seleccionaron de forma aleatoria simple, tomando como marco muestral el registro de mujeres que se habían realizado citologías vaginales durante el 2009 en esa área. La recolección de la información se hizo a través de un cuestionario. Se calcularon medidas de frecuencia, de tendencia central y dispersión, OR, IC 95 %. Resultados: Se incluyeron 62 casos y 137 controles. La edad promedio de los casos fue 43 años (DE±17). El ASCUS fue la lesión más frecuente 39 % (IC 95 %=22,43-51,93). Los factores asociados a la aparición de lesiones fueron tabaco (OR=2.35; IC 95 %=1,26-4,31), inicio de actividad sexual antes de 18 años (OR=2;I C 95 %=1,06-3,64) y haber tenido 3 o más compañeros sexuales (OR=2, 10;IC 95 % 1,11-3,97). Discusión: Se encontró similitud entre lo descrito en la literatura y lo hallado en este estudio. Se recomendó dar a conocer este estudio a las mujeres de esa área de salud, ya que los factores encontrados son modificables y además se planteó a la dirección del área realizar campañas de promoción y prevención que fomenten conductas sexuales sanas.