Objetivos: Describir, analizar y proponer mejoras en el diseño y flujo de datos para el sistema de investigación epidemiológica de la leptospirosis en Costa Rica. Métodos: Se describen los flujos de información del sistema actual establecido por el protocolo vigente. Se elaboraron los diagramas de flujo de datos correspondientes al sistema de información y se presenta una propuesta de flujo de información integrado utilizando el lenguaje unificado de modelaje. Resultados: El actual Sistema presenta duplicidad de información entre los diferentes actores y procesos provocando baja concordancia en la información suministrada. El Sistema no presenta procesos que sean destinados a mejorar y controlar la recolección de segundas muestras. La información epidemiológica no es utilizada por actores a niveles superiores a las áreas de salud, lo que reduce la utilidad que se le da a esta información. Conclusiones: El diseño actual y los diferentes hallazgos de nuestro estudio, hacen evidente la necesidad de una reestructuración y rediseño del sistema que comprende a esta enfermedad. Se presenta un diseño de Sistema Integrado de información mediante la interrelación en una red de diferentes actores que compartan la información que generan, permitiendo la instauración de procesos para la adquisición automática de datos, manejo, almacenamiento y análisis de datos epidemiológicos.