Objetivo: Determinar el efecto de actividades físicas en el estado anímico depresivo de estudiantes universitarios costarricenses. Método: Participaron 522 estudiantes (259 mujeres y 263 hombres) matriculados en la Universidad de Costa Rica. Se construyeron dos categorías según la finalidad del curso matriculado: a) acondicionamiento físico (n = 208) y b) actividad deportiva (n = 314). Los instrumentos: Perfil de Estados Anímicos (POMS) y el Inventario de Depresión de Beck (BDI-II), se aplicaron al inicio, a la segunda semana y al final del curso. El programa fue de 12 semanas. Resultados: el 16.25% del estudiantado presentó síntomas depresivos entre leve y severo. Se encontró una correlación significativa entre el Índice de masa Corporal y los síntomas de depresión para quienes obtuvieron puntajes de depresión entre leve, moderada y severa (r = 0.224; p = 0.041). Se encontraron porcentajes de cambio diferentes para el constructo depresión cuando los participantes realizaron actividades deportivas o de acondicionamiento físico; sin embargo, éstos variaron según el instrumento utilizado. Con el BDI-II ambos grupos experimentaron reducción significativa en depresión (p < 0.05) y con el POMS experimentaron aumento. Discusión: Finalmente se encontraron coeficientes de estabilidad significativos (p < 0.01) en las subescalas del POMS, y se obtuvo un coeficiente de confiabilidad del BDI-II aceptable (r = 0.604; p < 0.001). Se concluye que para estudiar el efecto crónico de una intervención de actividad física en el estado depresivo se necesita utilizar un instrumento como el BDI-II.