Objetivo: Elaborar un instrumento válido y fiable para evaluar la calidad percibida por los usuarios de los servicios farmacéuticos del Sistema Público de Salud costarricense. Métodos: Se realizó un instrumento conformado por tres dimensiones: técnica, interpersonal y ambiental, con 53 ítems en escala Likert. Fue evaluado por cuatro profesionales en farmacia con amplia experiencia en los ámbitos investigativo, administrativo y clínico. Dicha evaluación generó un cuestionario de 49 preguntas, el cual fue aplicado a 115 usuarios de la Farmacia del Hospital de San Rafael de Alajuela. Para analizar unidimensionalidad se empleó análisis factorial, para fiabilidad correlación ítem-total y para consistencia interna alfa de Cronbach. El paquete estadístico empleado fue SPSS, versión 17. Resultados: El análisis factorial determinó unidimensionalidad en el instrumento, puesto que el primer factor acumuló un 30,1% de la varianza total y el segundo 8,1%, lo que significa que el conjunto de ítems que componen el indicador efectivamente está midiendo un sólo constructo teórico, es decir conforma una escala. El análisis de fiabilidad sugirió la eliminación de cinco ítems. La eliminación de un ítem más fue sugerida por aspectos de consistencia interna: un alfa de Cronbach final de 0,951. Conclusiones: Este es el primer instrumento válido y fiable elaborado para la medición de la percepción de la calidad en las Unidades de farmacia de la Caja Costarricense de Seguro Social.