Objetivo: Proponer un proceso de desregulación de alimentos derivados de cultivos genéticamente mejorados desarrollados en Costa Rica, plantea un trámite a la Consulta de desregulación de un nuevo alimento desarrollado por ingeniería genética, labor que le competerá al Ministerio de Salud principalmente. Material y Métodos: La propuesta incluye procedimientos de iniciar la Consulta, conformación del equipo de evaluadores, información que se solicita en el dossier sobre alimentos derivados de cultivos genéticamente mejorados, y comunicación de la decisión de la Consulta. Se construyó con base a marcos regulatorios de bioseguridad, utilizados en países desarrollados, que orientan a los desarrolladores en los lineamientos a seguir para la desregulación de los nuevos alimentos. Resultados: Lo que establecen los marcos de regulación responde a lo planteado en el concepto de equivalencia sustancial, aceptada internacionalmente como el compendio de información que refleja la inocuidad de un alimento seguro para el consumo. El ensayo revisa los procesos de regulación en bioseguridad de Costa Rica y la experiencia en la regulación para el cultivo y movilización de materiales modificados genéticamente, Discusión: Se evidencia que Costa Rica se carece de un procedimiento para atender Consulta de desregulación de alimentos sometidos al proceso de equivalencia sustancial.