Justificación: existe una alta comorbilidad entre las enfermedades médico-quirúrgicas y la depresión. No hay parámetros sistematizados que guíen la selección individualizada del tratamiento farmacológico en estas circunstancias. Objetivo: analizar la concordancia entre los psiquiatras costarricenses que no aplican y sí aplican el algoritmo de razonamiento psicofarmacológico para la elección de los antidepresivos, en 3 casos clínicos de pacientes deprimidos y con una enfermedad médico-quirúrgica. Metodología: se distribuyó de forma aleatoria en dos grupos a los participantes, y se les presentó tres casos clínicos reales y anónimos de personas deprimidas y con una enfermedad médicoquirúrgica. El grupo A eligió el antidepresivo según sus criterios personales, mientras que el grupo B realizó la elección del tratamiento basándose en la implementación del algoritmo de razonamiento psicofarmacológico. Resultados: no hubo concordancia respecto al fármaco entre los 22 psiquiatras del grupo que solo aplicó el criterio clínico (kappa= -0,0154, p= 0,3851), mientras que la concordancia sí fue estadísticamente significativa en el grupo de los 24 psiquiatras que aplicó el algoritmo de razonamiento psicofarmacológico (kappa=0,016, p<0,01). La concordancia entre ambos grupos fue del 25 % en el caso 1, el 16,67% en el caso 2 y el 20,83% en el caso 3. Los psiquiatras que emplearon el algoritmo de razonamiento psicofarmacológico lo consideran útil (87,50%), aplicable (83,33%) y con posible impacto clínico (91,67%). Conclusiones: el algoritmo de razonamiento psicofarmacológico aumentó la concordancia entre los psiquiatras para la selección de los antidepresivos en tres casos clínicos de pacientes deprimidos con enfermedades médico-quirúrgicas, en comparación con el criterio personal. La concordancia entre los grupos A y B fue muy baja. El algoritmo de razonamiento psicofarmacológico es una herramienta considerada útil, aplicable y de posible impacto en la práctica clínica.